在上個世紀80年代聯合國難民署第一次卷入中美洲，這里的三個國家--尼加拉瓜、薩爾瓦多和危地馬拉--都爆發了內戰。在每個國家中，叛亂與反叛亂的戰爭都造成眾多傷亡和大批人流離失所。三國共有200多萬人被逐出家園。其中30多萬人得到救助，包括在墨西哥的這名危地馬拉難民，聯合國難民署在墨西哥實施了農業和其他自給自足項目。為了應對這種危機，1984年11月通過了另一個重要的難民文件--《卡塔赫納宣言》。
莫桑比克這個國家支離破碎了30年--開始是進行反對葡萄牙殖民統治的斗爭，然后是殘酷的內戰。數以萬計的平民被殺死，約600萬人拋家離舍。戰爭結束后，1990年代初30個月的時間里170萬難民返回家園。另有隱藏在村莊周圍地區的400萬平民走出了灌木叢林，成為現代史上最成功的遣返之一。
1990年代開始后，全世界涌動著一種樂觀主義情緒，似乎世界和平秩序的實現指日可待。在1988年到1994年這段時間里，聯合國執行了21項新的維持和平與締造和平的行動，而在此之前的40年中，類似的行動只執行了13個。聯合國難民署在多個聯合國締造和平的行動中發揮了重要作用，特別是在納米比亞、中美洲、柬埔寨和莫桑比克。在安哥拉、贊比亞和非洲其他國家流亡了15年多之后，約4.1萬納米比亞難民返回家鄉。
上個世紀90年代初爆發了波斯灣戰爭，150萬伊拉克庫爾德人外逃。成千上萬的人被困在白雪覆蓋的山頂上，許多人喪生。多國部隊在伊拉克北部為庫爾德人建立了安全庇護地區。聯合國難民署參與了這一行動，與多國部隊進行了密切的合作。國際社會的大力支援使60萬流離失所者，包括這些兒童，在外逃后3個月內返回家鄉。這是冷戰后聯合國難民署的第一次大規模緊急救援行動。
中非大湖地區的民族矛盾和武裝沖突使這里的平民一再被逐出家園。在盧旺達，由于宿怨沒有得到解決，暴力事件再次發生，流血沖突之規模超過幾十年前。1994年的種族滅絕大屠殺引發了該國200多萬人的大規模外逃。到1996年底，大多數人返回，但是到2004年仍有6至8萬人散居在幾個鄰國。
1991年南斯拉夫聯邦共和國解體，結果使歐洲出現了大規模的難民危機。1995年戰爭結束時，從波斯尼亞、黑塞哥維那、塞爾維亞和克羅地亞逃出的440萬人中的半數以上無家可歸。危機期間采取了一種新的庇護形式：有關各國對逃避沖突的人們給予臨時保護，沖突結束后他們就返回。以聯合國難民署為首在波斯尼亞和黑塞哥維那執行的人道主義救援行動在規模、范圍和復雜性等方面都是空前的。
1999年3月24日北約發動了空戰，3日之內，大批科索沃人被當局驅趕到鄰國阿爾巴尼亞和馬其頓。像其他成千上萬人一樣，這些平民被從城鎮中趕出，然后坐特別'難民列車'，到馬其頓布拉采邊境站附近被趕下來，丟在那里。和平計劃簽署之后，盡管人道主義機構呼吁難民們安心等待，50萬科索沃人仍爭先恐后地在3周之內回到被戰爭嚴重破壞的科索沃。[蜂鳥網]
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